The Transformátory filmová série byla mezníkem v kariéře Megan Fox. Byla to ta největší role, kterou získala na své vzrůstající cestě ke slávě, a zdálo se, že ji to povede k trvalému umístění na hollywoodském seznamu A. Po druhém filmu však Fox franšízu opustil.
Fox hrál Mikaelu Banesovou, milostný zájem Sam Shia LaBeouf ve filmu režiséra Michaela Baye. Oba bojovali bok po boku s Autoboty, když zlí Decepticons opustili svou domovskou planetu a ohrožovali blaho Země. Na konci druhého filmu si Mikaela a Sam navzájem prohlásili lásku. Ale tím Transformers: Dark of the Moon Sam chodila s novou dívkou jménem Carly (Rosie Huntington-Whiteley) a Foxova postava chyběla.
Michael Bay nikdy neměl štědrou pověst hollywoodského režiséra; byl obviněn ze zbytečné náročnosti se svým hercem a štábem na každém setu. V rozhovoru z roku 2009 s Časopis Wonderland Fox neslavně pokračoval v záznamu a odstřelil Bay. Pověděla publikaci, že Bay chtěl zvečnit jeho náročnou reputaci a zasáhl na scéně, a to tak daleko, že ho přirovnal k Hitlerovi. Podle Kosmopolitní , Spielberg , který byl producentem na Transformátor série, zachytil vítr komentáře a navrhl, aby ji Bay vyhodil.
V roce 2011 GQ propagace rozhovoru Dark of the Moon , reagovala ředitelka na její komentáře tak, že je v podstatě oprášila. Řekl, že Foxovi se líbilo vstávat z lidí, a vždy to dělal špatně. Bay se bránil s tím, že jednoduše vyžaduje, aby se jeho herci dostavili včas a občas pracovali dlouhé dny na place.
Poté, co byl Fox propuštěn, se po nějakou dobu stal v Hollywoodu něčím jako vyvrhel. V Kosmopolitní V rozhovoru Fox sdílela lítost nad svým chováním a uvedla, že to byl nejnižší bod její kariéry. Byla mladá - pouhých 23 let - a věřila, že její činy byly spravedlivé. Když se ale ohlédne zpět, říká, že to byla obrovská zkušenost s učením, která postavila její kariéru na úplně jinou trajektorii, než na jaké byla předtím. Místo toho, aby se Fox stal A-Listerem, o kterém si mysleli, že bude, usadil se v uvolněnější kariéře. Měla podpůrnou roli v Judd Apatow Tohle je 40 a opakující se role v úspěšném sitcomu Nová holka . Pokud by se ale incident s Bayem nikdy nestal, je možné, že by Fox získal více hlavních rolí ve filmech a televizních pořadech.
Zkušenost Megan Fox jen škrábe povrch temných prvků práce v Hollywoodu - může dojít k jedné chybě a herci. Ale stříbrnou podšívkou je, že Fox se poučila z minulosti a zdá se, že je v míru s tím, kde je její kariéra. Shodou okolností Fox a Bay pokračovali v další spolupráci, i když nepřímo. Fox hrál v restartu Želvy Ninja film, který produkoval Bay.
